立足南疆，农业工程学科形成了特色鲜明“3+1”学科研究方向：

（1）农业机械化与装备工程

主要在南疆荒漠农业田间生产机械化关键技术及智能装备开展研究。

针对棉花、林果等全程机械化中的薄弱环节，在国家和省级项目资助下，构建残膜起膜动力学模型，揭示膜土分离破损机理，研制耕层残膜回收机，基于电磁处理技术对采棉机摘锭表面改性方面优势明显；果园绿肥、变量施肥、喷雾及林果收获技术及装备等方面已形成特色；获省级科技进步奖三等奖1项，中华农业科技优秀创新团队奖1项，SCI、EI论文25篇，发明专利7项。

（2）农业水土工程

主要在特色农林经济作物高效用水机理、节水灌溉新技术与新设备研发、棉田土壤水盐调控模式及盐碱水再利用技术等方面开展研究。

研究提出的棉花干播湿出、棉田间歇冬春灌、果树根区加压注水灌溉及枣树间接地下滴灌等技术在提高南疆水资源高效利用以及调控土壤水盐方面起到了积极的促进作用，形成了荒漠农业高效节水灌溉新技术研究特色和优势，补充和完善了荒漠区相关灌溉理论。获农业节水二等奖1项，大禹水利科技进步三等奖1项。

（3）农业电子与信息化工程

主要在南疆荒漠农业生产过程数字化和电气自动化开展研究。

针对现代农业资源精准高效管理需求，重点开展农业遥感、作物生长模拟、遥感同化和智能电气自动化控制理论和方法研究。在荒漠区作物温光水肥资源协同作用机制和方法、精准变量施肥和喷药等技术体系等方面形成特色，在果树生长模拟理论和系列模型、遥感同化理论和技术体系方面优势显著。获得兵团科技进步奖1项、国家自然基金项目16项、发表SCI论文20余篇。

（4）农林产物处理及高值化利用技术与装备

主要在南疆特色农产品加工、转化技术与装备开展研究。

基于生物组织散射偏振和多角度空间光谱定标等相关理论研究，构建南疆特果多尺度品质检测体系；揭示核桃破壳分离规律及装备研发，进行红枣干燥原理及装备研究；提出热解耦合微生物等多联产工艺，开发剩余物转化高效智能设备及功能化产品，特色鲜明。该方向承担国家自然基金11项，获省部级科技进步奖3项，授权发明专利12项，发表检索论文19篇，制定地方标准3项。